Опции могут быть указаны в командной строке или в конфигурационном файле. Обычное расположение конфигурационного файла ~/.gnupg/options. При указании опции в файле опускаются два предшествующих опции знака "минус" и используется просто название опции с последующими аргументами. Строки первый не пробельный символ в которых "#" игнорируются.